La Villa de Merlo cuenta con un considerable número de instituciones educativas tanto de nivel inicial, básico y polimodal que permiten atender la demanda de los habitantes de la ciudad y localidades más próximas. La gran mayoría de los establecimientos educativos son de gestión estatal, como es el caso del Complejo Educativo Santiago Besso, el Centro Educativo Horacio de la Mota, y las Escuelas 181, 288 y 376, aunque también los hay de gestión privada tanto religiosos, como el Instituto Monseñor Orzali y el Colegio San Francisco de Asis, como también laicos, siendo el caso del Complejo EMEI. También posee un Centro de Educación Especial, la Escuela Mirlo.
Aqui podemos encontrar la Facultad de Turismo y Urbanismo sede de la Universidad Nacional de San Luis, en tanto que el Senador Nacional Adolfo Rodríguez Saá presentó un proyecto de ley para la creación de una Universidad Nacional en Merlo
